La mayoría de los pacientes no presentan síntomas en los primeros años, lo que se conoce como paciente positivo, asintomático o portador; los síntomas sólo aparecen cuando el virus comienza a destruir las defensas de la persona y pueden ser muy variados, dependiendo de donde se localice el virus. Si el virus llega al tracto gastrointestinal el paciente presentará diarrea (generalmente crónica, más de tres semanas), además el paciente se enflaquece, pierde peso y pierde el apetito.
Si el virus llega al cerebro, al paciente presente dolor de cabeza intenso, fiebre, sudoración, trastorno del sueño y de la personalidad.
Cuando se afectan los pulmones el paciente puede desarrollar una tuberculosis u otra serie de infecciones como neumonía.
En la piel el paciente puede presentar infecciones por hongos, virus o tumores.
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